גראַונדברייקינג טב און דר-טב דיאַגנאָסטיק לייזונג דורך #מאַקראָ & מיקראָ-טעסט!

א נייַע וואָפן פֿאַר טובערקולאָסיס דיאַגנאָסיס און דיטעקשאַן פון מעדיצין קעגנשטעל: אַ נייַ דור טאַרגעטעד סיקוואַנסינג (tNGS) קאַמביינד מיט מאַשין לערנען פֿאַר טובערקולאָסיס היפּערסענסיטיוויטי דיאַגנאָסיס

ליטעראַטור באַריכט: CCA: אַ דיאַגנאָסטיק מאָדעל באזירט אויף tNGS און מאַשין לערנען, וואָס איז פּאַסיק פֿאַר מענטשן מיט ווייניקער באַקטיריאַל טובערקולאָסיס און טובערקולאָוס מענינגיטיס.

טעזיס טיטל: טובערקולאָוס-טאַרגעטעד ווייַטער-דור סיקוואַנסינג און מאַשין לערנען: אַן הינטער-שפּירעוודיק דיאַגנאָסטיק סטראַטעגיע פֿאַר פּאַוסיפיק פּולמאַנערי טובולאַרס און טובולאַר מענינגיטיס.

צייטשריפט: "Clinica Chimica Acta"

אויב: 6.5

טאָג פון ארויסגעבן: יאנואר 2024

קאַמביינד מיט די אוניווערסיטעט פון כינעזיש אַקאַדעמי פון ססיענסעס און בעידזשינג טשעסט האָספּיטאַל פון קאַפּיטאַל מעדיקאַל אוניווערסיטעט, מאַקראָ און מיקראָ-טעסט געגרינדעט אַ טובערקולאָסיס דיאַגנאָסיס מאָדעל באזירט אויף די נייַע דור פון טאַרגעטעד סיקוואַנסינג (טנגס) טעכנאָלאָגיע און מאַשין לערנען אופֿן, וואָס צוגעשטעלט הינטער-הויך דיטעקשאַן סענסיטיוויטי פֿאַר טובערקולאָסיס מיט ווייניק באַקטיריאַ און טובערקולאָוס מענינגיטיס, צוגעשטעלט אַ נייַ כייפּערסענסיטיוויטי דיאַגנאָסיס אופֿן פֿאַר די קליניש דיאַגנאָסיס פון צוויי טייפּס פון טובערקולאָסיס, און געהאָלפֿן די פּינטלעך דיאַגנאָסיס, מעדיצין קעגנשטעל דיטעקשאַן און באַהאַנדלונג פון טובערקולאָסיס.אין דער זעלביקער צייט, עס איז געפונען אַז די פּלאַזמע קפדנאַ פון די פּאַציענט קענען זיין געוויינט ווי אַ פּאַסיק מוסטער טיפּ פֿאַר קליניש מוסטערונג אין די דיאַגנאָסיס פון טבם.

אין דעם לערנען, 227 פּלאַזמע סאַמפּאַלז און סערעבראָספּינאַל פליסיק סאַמפּאַלז זענען געניצט צו פאַרלייגן צוויי קליניש קאָהאָרטן, אין וואָס די לאַבאָראַטאָריע דיאַגנאָסטיק קאָהאָרט סאַמפּאַלז זענען געניצט צו פאַרלייגן די מאַשין לערנען מאָדעל פון טובערקולאָסיס דיאַגנאָסיס, און די קליניש דיאַגנאָסטיק קאָהאָרט סאַמפּאַלז זענען געניצט צו באַשטעטיקן די געגרינדעט. דיאַגנאָסטיק מאָדעל.אַלע סאַמפּאַלז זענען ערשטער טאַרגעטעד דורך אַ ספּעשלי דיזיינד טאַרגעטעד כאַפּן זאָנד בעקן פֿאַר מיקאָבאַקטעריום טובערקולאָסיס.דערנאָך, באזירט אויף TB-tNGS סיקוואַנסינג דאַטן, די באַשלוס בוים מאָדעל איז גענוצט צו דורכפירן 5-פאַרלייגן קרייַז וואַלאַדיישאַן אויף די טריינינג און וואַלאַדיישאַן שטעלט פון די לאַבאָראַטאָריע דיאַגנאָסטיק ריי, און די דיאַגנאָסטיק טרעשאַלז פון פּלאַזמע סאַמפּאַלז און סערעבראָספּינאַל פליסיק סאַמפּאַלז זענען באקומען.די דערגרייכט שוועל איז געבראכט אין צוויי פּראָבע שטעלט פון קליניש דיאַגנאָסיס ריי פֿאַר דיטעקשאַן, און די דיאַגנאָסטיק פאָרשטעלונג פון די לערנער איז עוואַלואַטעד דורך ROC ויסבייג.צום סוף, די דיאַגנאָסיס מאָדעל פון טובערקולאָסיס איז באקומען.

פיגור 1 סכעמאַטיש דיאַגראַמע פון ​​פאָרשונג פּלאַן

רעזולטאטן: לויט די ספּעציפֿישע שוועלן פון CSF דנאַ מוסטער (AUC = 0.974) און פּלאַזמע cfDNA מוסטער (AUC = 0.908) באשלאסן אין דעם לערנען, צווישן 227 סאַמפּאַלז, די סענסיטיוויטי פון CSF מוסטער איז געווען 97.01%, די ספּעסיפיקאַטי איז 95.65%, און די סענסיטיוויטי און ספּעסיפיקאַטי פון פּלאַזמע מוסטער איז געווען 82.61% און 86.36%.אין די אַנאַליסיס פון 44 פּערד סאַמפּאַלז פון פּלאַזמע קפדנאַ און סערעבראָספּינאַל פליסיק דנאַ פון טבם פּאַטיענץ, די דיאַגנאָסטיק סטראַטעגיע פון ​​דעם לערנען האט אַ הויך קאָנסיסטענסי פון 90.91% (40/44) אין פּלאַזמע קפדנאַ און סערעבראָספּינאַל פליסיק דנאַ, און די סענסיטיוויטי איז 95.45% (42/44).אין קינדער מיט פּולמאַנערי טובערקולאָסיס, די דיאַגנאָסטיק סטראַטעגיע פון ​​דעם לערנען איז מער שפּירעוודיק צו פּלאַזמע סאַמפּאַלז ווי די Xpert דיטעקשאַן רעזולטאַטן פון גאַסטריק זאַפט סאַמפּאַלז פון די זעלבע פּאַטיענץ (28.57% ווס 15.38%).

פיגור 2 אַנאַליסיס פאָרשטעלונג פון טובערקולאָסיס דיאַגנאָסיס מאָדעל פֿאַר באַפעלקערונג סאַמפּאַלז

פיגורע 3 דיאַגנאָסטיק רעזולטאַטן פון פּערד סאַמפּאַלז

מסקנא: א כייפּערסענסיטיוו דיאַגנאָסטיק אופֿן פֿאַר טובערקולאָסיס איז געגרינדעט אין דעם לערנען, וואָס קענען צושטעלן אַ דיאַגנאָסטיק געצייַג מיט די העכסטן דיטעקשאַן סענסיטיוויטי פֿאַר קליניש פּאַטיענץ מיט אָליגאָבאַסילאַרי טובערקולאָסיס (נעגאַטיוו קולטור).דיטעקשאַן פון כייפּערסענסיטיוו טובערקולאָסיס באזירט אויף פּלאַזמע קפדנאַ קען זיין אַ פּאַסיק מוסטער פֿאַר די דיאַגנאָסיס פון אַקטיוו טובערקולאָסיס און טובערקולאָוס מענינגיטיס (פּלאַזמאַ סאַמפּאַלז זענען גרינגער צו זאַמלען ווי סערעבראָספּינאַל פליסיק פֿאַר פּאַטיענץ סאַספּעקטיד פון מאַרך טובערקולאָסיס).

אָריגינעל לינק: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?דורך%3Dihub

קורץ הקדמה פון מאַקראָ און מיקראָ-טעסט טובערקולאָסיס סעריע דיטעקשאַן פּראָדוקטן

אין מיינונג פון די קאָמפּליצירט מוסטער סיטואַציע פון ​​טובערקולאָסיס פּאַטיענץ און פאַרשידן באדערפענישן, מאַקראָ & מיקראָ-טעסט פּראָווידעס אַ גאַנץ גאַנג פון NGS סאַלושאַנז פֿאַר ליקוועפאַקשאַן יקסטראַקשאַן פון ספּוטום סאַמפּאַלז, קוואַלקאַם ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן און סיקוואַנסינג, און דאַטן אַנאַליסיס.די פּראָדוקטן דעקן גיך דיאַגנאָסיס פון טובערקולאָסיס פּאַטיענץ, מעדיצין קעגנשטעל דיטעקשאַן פון טובערקולאָסיס, טייפּינג פון מיקאָבאַקטעריום טובערקולאָסיס און נטם, כייפּערסענסיטיוויטי דיאַגנאָסיס פון באַקטיריאַ-נעגאַטיוו טובערקולאָסיס און טובערקולאָוס מענטשן, עטק.

סיריאַל דיטעקשאַן קיץ פֿאַר טובערקולאָסיס און מיקאָבאַקטעריאַ:

פּונקט נומ פּראָדוקט נאָמען פּראָדוקט טעסטינג אינהאַלט מוסטער טיפּ אָנווענדלעך מאָדעל
HWTS-3012 מוסטער מעלדונג אַגענט געוויינט אין די ליקוואַפאַקיישאַן באַהאַנדלונג פון ספּוטום סאַמפּאַלז, האט באקומען אַ ערשטער-קלאַס רעקאָרד נומער, Sutong מאַשינערי עקוויפּמענט 20230047. ספּוטום
HWTS-NGS-P00021 Qualcomm קוואַנטיטי דיטעקשאַן ינווענטאַר פֿאַר כייפּערסענסיטיוו טובערקולאָסיס (זאָנד כאַפּן אופֿן) ניט-ינווייסיוו (פליסיק ביאָפּסי) היפּערסענסיטיוויטי דיטעקשאַן פֿאַר באַקטיריאַ-נעגאַטיוו פּולמאַנערי טובערקולאָסיס און מאַרך נאָדולעס;די סאַמפּאַלז פון מענטשן סאַספּעקטיד צו זיין ינפעקטאַד מיט טובערקולאָסיס אָדער ניט-טובערקולאָסיס מיקאָבאַקטעריאַ זענען אַנאַלייזד דורך הויך-טיפקייַט סיקוואַנסינג מעטאַגענאָמיקס, און די דיטעקשאַן אינפֿאָרמאַציע צי טובערקולאָסיס אָדער ניט-טובערקולאָסיס מיקאָבאַקטעריאַ זענען ינפעקטאַד און די הויפּט ערשטער-שורה מעדיצין קעגנשטעל אינפֿאָרמאַציע פון ​​מיקאָבאַקטעריום טובערקולאָסיס זענען צוגעשטעלט. פּעריפעראַל בלוט, אַלוועאָלאַר לאַוואַגע פליסיק, הידראָטהאָראַקס און אַססיטעס, פאָקוס פּאַנגקטשער מוסטער, סערעבראָספּינאַל פליסיק. צווייטע דור
HWTS-NGS-T001 מיקאָבאַקטעריום טייפּינג און מעדיצין קעגנשטעל דיטעקשאַן קיט (מולטיפּלעקס אַמפּלאַפאַקיישאַן סיקוואַנסינג אופֿן) מיקאָבאַקטעריום טייפּינג פּרובירן, אַרייַנגערעכנט MTBC און 187 NTM;מעדיצין קעגנשטעל דיטעקשאַן פון מיקאָבאַקטעריום טובערקולאָסיס קאָווערס 13 דרוגס און 16 האַרץ מיוטיישאַן זייטלעך פון מעדיצין קעגנשטעל גענעס. ספּוטום, אַלוועאָלאַר לאַוואַגע פליסיק, הידראָטהאָראַקס און אַססיטעס, פאָקוס פּאַנגקטשער מוסטער, סערעבראָספּינאַל פליסיק. צווייטע / דריט דור צווייענדיק פּלאַטפאָרמע

כיילייץ: HWTS-NGS-T001 מיקאָבאַקטעריום טייפּינג און מעדיצין קעגנשטעל דיטעקשאַן קיט (מולטיפּלעקס אַמפּלאַפאַקיישאַן אופֿן)

פּראָדוקט הקדמה

דער פּראָדוקט איז באזירט אויף די הויפּט ערשטער-און רגע-שורה דרוגס דיסקרייבד אין די WHO טב באַהאַנדלונג גיידליינז, מאַקראָלידעס און אַמינאָגליקאָסידעס קאַמאַנלי געניצט אין די NTM באַהאַנדלונג גיידליינז, און די מעדיצין קעגנשטעל זייטלעך דעקן אַלע איין גרופּע פון ​​מעדיצין קעגנשטעל-פֿאַרבונדענע זייטלעך אין די WHO מיקאָבאַקטעריום טובערקולאָסיס קאָמפּלעקס מיוטיישאַן קאַטאַלאָג, ווי געזונט ווי אנדערע רעפּאָרטעד מעדיצין קעגנשטעל גענעס און מיוטיישאַן זייטלעך לויט די ויספאָרשונג און סטאַטיסטיק פון הויך-סקאָרינג ליטעראַטור אין שטוב און אין אויסלאנד.

טייפּינג לעגיטימאַציע איז באזירט אויף די NTM סטריינז סאַמערייזד אין די NTM גיידליינז ארויס דורך כינעזיש דזשאָורנאַל פון טובערקולאָסיס און רעספּעראַטאָרי דיסעאַסעס און די קאָנסענסוס פון עקספּערץ.די דיזיינד טייפּינג פּרימערז קענען פאַרגרעסערן, סיקוואַנס און אַנאַטייט מער ווי 190 NTM מינים.

דורך טאַרגעטעד מולטיפּלעקס פּקר אַמפּלאַפאַקיישאַן טעכנאָלאָגיע, די גענאָטיפּינג גענעס און מעדיצין-קעגנשטעליק גענעס פון מיקאָבאַקטעריום זענען אַמפּלאַפייד דורך מולטיפּלעקס פּקר, און די אַמפּליקאָן קאָמבינאַציע פון ​​ציל גענעס צו זיין דיטעקטאַד איז באקומען.די אַמפּלאַפייד פּראָדוקטן קענען זיין קאַנסטראַקטאַד אין צווייטע-דור אָדער דריט-דור הויך-דורך סיקוואַנסינג לייברעריז, און אַלע רגע-דור און דריט-דור סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמס קענען זיין אונטערטעניק צו הויך-טיפקייַט סיקוואַנסינג צו באַקומען די סיקוואַנס אינפֿאָרמאַציע פון ​​ציל גענעס.דורך קאַמפּערינג מיט די באַוווסט מיוטיישאַנז קאַנטיינד אין די געבויט-אין רעפֿערענץ דאַטאַבייס (אַרייַנגערעכנט די WHO Mycobacterium tuberculosis קאָמפּלעקס מיוטיישאַן קאַטאַלאָג און זייַן שייכות מיט מעדיצין קעגנשטעל), די מיוטיישאַנז שייַכות צו מעדיצין קעגנשטעל אָדער סאַסעפּטאַבילאַטי פון אַנטי-טובערקולאָסיס דרוגס זענען באשלאסן.קאַמביינד מיט די זיך-געעפֿנט ספּוטום מוסטער באַהאַנדלונג לייזונג פון מאַקראָ & מיקראָ-טעסט, די פּראָבלעם פון נידעריק נוקלעיק זויער אַמפּלאַפאַקיישאַן עפעקטיווקייַט פון קליניש ספּוטום סאַמפּאַלז (צען מאל העכער ווי אַז פון טראדיציאנעלן מעטהאָדס) איז סאַלווד, אַזוי אַז מעדיצין קעגנשטעל סיקוואַנסינג דיטעקשאַן קענען זיין סאַלווד. גלייַך געווענדט צו קליניש ספּוטום סאַמפּאַלז.

פּראָדוקט דיטעקשאַן קייט

34מעדיצין קעגנשטעל-פֿאַרבונדענע גענעס פון18אַנטי-טובערקולאָסיס דרוגס און6נטם דרוגס זענען דיטעקטאַד, קאַווערינג297מעדיצין קעגנשטעל זייטלעך;צען מינים פון מיקאָבאַקטעריום טובערקולאָסיס און מער ווי190מינים פון NTM זענען דיטעקטאַד.

טיש 1: אינפֿאָרמאַציע פון ​​18+6 דרוגס +190+נטם

פּראָדוקט מייַלע

שטאַרק קליניש אַדאַפּטאַבילאַטי: די ספּוטום סאַמפּאַלז קענען זיין דיטעקטאַד גלייך מיט זיך-ליקוועפאַקשאַן אַגענט אָן קולטור.

די יקספּערמענאַל אָפּעראַציע איז פּשוט: דער ערשטער קייַלעכיק פון אַמפּלאַפאַקיישאַן אָפּעראַציע איז פּשוט, און די ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן איז געענדיקט אין 3 שעה, וואָס ימפּרוווז די אַרבעט עפעקטיווקייַט.

פולשטענדיק טייפּינג און מעדיצין קעגנשטעל: קאַווערינג די טייפּינג און מעדיצין קעגנשטעל זייטלעך פון MTB און NTM, וואָס זענען די הויפּט פונקטן פון קליניש דייַגע, פּינטלעך טייפּינג און מעדיצין קעגנשטעל דיטעקשאַן, שטיצן פרייַ אַנאַליסיס ווייכווארג און דזשענערייטינג אַנאַליסיס ריפּאָרץ מיט איין גיט.

קאַמפּאַטאַבילאַטי: פּראָדוקט קאַמפּאַטאַבילאַטי, אַדאַפּטינג צו מיינסטרים ILM און MGI / ONT פּלאַטפאָרמס.

פּראָדוקט באַשרייַבונג

פּראָדוקט קאָד פּראָדוקט נאָמען דיטעקשאַן פּלאַטפאָרמע ספּעסאַפאַקיישאַנז
HWTS-NGS-T001 מיקאָבאַקטעריום טייפּינג און מעדיצין קעגנשטעל דיטעקשאַן קיט (מולטיפּלעקס אַמפּלאַפאַקיישאַן אופֿן) ONT, Illumina, MGI, Salus pro 16/96רקסן

פּאָסטן צייט: יאנואר 23-2024